ด้วยสภามหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ในการประชุมครั้งที่ 3/2548 เมื่อวันที่ 9 กรกฏาคม พ.ศ.2548 ได้มีมติอนุมัติในหลักการ โครงการพัฒนาระบบสุขภาพของมหาวิทยาลัย และโครงสร้างองค์กร ประกอบด้วย วิทยาลัยวิทยาการสุขภาพ สถาบันวิจัยวิทยาการสุขภาพ และสำนักวิชาใหม่ โดยขอให้มหาวิทยาลัยไปพิจารณาจัดทำรายละเอียดที่เกี่ยวข้องกับการจัดตั้งหน่วยงานเพิ่มเติม ต่อมา มหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ได้รับการจัดสรรงบประมาณ สำหรับการก่อสร้างอาคารวิจัยวิทยาการสุขภาพ จำนวน 113 ล้านบาท โดยจัดสรรเป็นงบผูกพัน 4 ปี ดังนี้
ปี 2551 จำนวน 21.6 ล้านบาท
ปี 2552 จำนวน 17.56 ล้านบาท
ปี 2553 จำนวน 25.396 ล้านบาท
ปี 2554 จำนวน 48.344 ล้านบาท
- วันที่ 29 ตุลาคม 2553 มีการของบประมาณเพื่อปรับปรุงห้องปฏิบัติการบางส่วนที่ชั้น 2 และ 3 จำนวน 15 ล้านบาท และได้รับสนับสนุนงบประมาณจัดซื้อครุภัณฑ์ภายใต้โครงการไทยเข้มแข็ง (Development Policy Loan: DPL) ซึ่งดำเนินการแล้วเสร็จในปี พ.ศ. 2556 ทุกห้องปฏิบัติการ รองรับการทำวิจัยด้านสหวิทยาการสุขภาพของสำนักวิชาสหเวชศาสตร์และสาธารณสุขศาสตร์ สำนักวิชาพยาบาลศาสตร์ สำนักวิชาเภสัชศาสตร์ และสำนักวิชาแพทยศาสตร์ ห้องปฏิบัติการวิจัยจะพร้อมเปิดใช้งานประมาณร้อยละ 90 ในปี พ.ศ.2560 และพร้อมเปิดใช้งานเต็มรุูปแบบ
” พ.ศ. 2561 เพื่อให้สามารถบริหารงานได้ย่างมีประสิทธิภาพและเพิ่มโอกาสในการแข่งขันกับสถาบันอื่นๆ ในการขอรับทุนสนับสนุนการวิจัยทั้งจากภาครัฐและเอกชน จึงขอปรับโครงสร้างองค์กรจากสถานะของ “โครงการจัดตั้งสถานวิจัยวิทยาการสุขภาพ” เป็น “สถาบันวิจัยวิทยาการสุขภาพ”
ในปัจจุบันสถาบันวิจัยวิทยาการสุขภาพ ได้ดำเนินการปรับปรุงห้องปฏิบัติการและเตรียมความพร้อมของครุภัณฑ์โดยมีห้องปฏิบัติการวิจัย 9 ห้องปฏิบัติการ ได้แก่
1. ห้องปฏิบัติการเครื่องมือกลาง
2. ห้องปฏิบัติการจุลพยาธิวิทยา
3. ห้องปฏิบัติการอณูชีววิทยาและพันธุศาสตร์
4. ห้องปฏิบัติการเพาะเลี้ยงเซลล์และทดสอบ
5. ห้องปฏิบัติการวิจัยไวรัสวิทยา
6. ห้องปฏิบัติการโรคเขตร้อน
7. ห้องปฏิบัติการชีวประสิทธิผลและชีวสมมูล
8. ห้องปฏิบัติการพิษวิทยาและนิติวิทยาศาสตร์
9. ห้องบริการวิชาการตรวจมวลกระดูก